Originaire de Guinée, ses bases haïtiennes sont dans le Nord du pays, à Grand-Rivière-du-Nord (non loin du Cap Haïtien).
En 1791, il rejoint une révolte d’esclaves menée contre l’autorité française de Saint-Domingue (Haïti). A partir de 1797, il servit comme lieutenant dans les troupes de Toussaint Louverture, qui tentait de chasser les Français de l’île et d’y proclamer une république noire.
Toussaint Louverture parvint à ses fins en 1801, en devenant gouverneur général de la colonie, mais fut renversé lors d’une expédition conduite par le général Leclerc. Son chef arrêté, Dessalines dut se rendre lui aussi dernier aux troupes françaises.
Lorsque, en 1803, Napoléon annonça qu’il comptait rétablir l’esclavage, Dessalines et d’autres chefs noirs se révoltèrent de nouveau. Grâce à l’appui du Royaume-Uni, ils parvinrent à chasser les troupes françaises de Saint-Domingue suite à l’héroïque bataille de Vertières.
En janvier 1804, Dessalines proclama l’indépendance de la nouvelle République qu’il rebaptisa Haïti et se proclama gouverneur général à vie. Puis, en octobre de la même année, il se proclama empereur sous le nom de Jean-Jacques 1er. La brutalité de son régime lui valut des ennemis parmi ses propres partisans. Deux d’entre eux, Henri Christophe et Alexandre Sabès Pétion, lui tendirent une embuscade et l’assassinèrent près de Port-au-Prince.