Né le 3 juillet 1951 à Port-au-Prince, il accède au pouvoir au décès de son père en avril 1971 et est surnommé « Bébé Doc » (en référence au surnom de son père, « Papa Doc »).
A 19 ans, il devenait ainsi le plus jeune chef d’Etat au monde et tenta d’instaurer dans les premières années de son règne une volonté de détente et d’apaisement, donnant quelques gages de bonne volonté démocratique.
Il rétablit les relations du pays avec les États-Unis et la République dominicaine ; son mandat voit la reprise de l’aide internationale à destination d’Haïti. Mais dès la fin des années 1970, il revient à des méthodes de gouvernement plus répressives, et bâillonne à nouveau la presse.
En 1985, sous les pressions de la communauté internationale, via la Constitution adoptée en cette même année, il institua le poste de premier ministre.
En février 1986, sa politique et les difficultés économiques du pays le forcent à prendre la fuite face à une insurrection populaire. Il s’établit en France, bien que n’ayant jamais reçu officiellement l’asile politique.
En 2004, il avait annoncé son intention de rentrer en Haïti et de s’y présenter à l’élection présidentielle; cette annonce était resté sans suite. Après le séisme de janvier 2010, il retourne en Haïti; il peut compter sur des anciens partisans de son régime qui lui sont restés fidèles. Toutefois, la justice de son pays engage plusieurs procédures à son encontre. La cour d’appel de Port-au-Prince confirme en février 2014 son inculpation pour « crimes contre l’humanité », considérant que ces faits sont imprescriptibles. Mais Jean-Claude Duvalier ne sera pas traduit devant les tribunaux d’Haïti puisqu’il succombe à une crise cardiaque le 04 octobre 2014.